głównymi ośrodkami gospodarczymi były Kilia i Akerman – ważne porty handlu czarnomorskiego – oraz Orgiejów, Soroki, Lăpușna, Tehinia, Chocim, a od XVIII wieku także Kiszyniów. Na przełomie XV i XVI wieku wraz z całą Mołdawią poddano ją pod zwierzchnictwo Imperium Osmańskiemu. W 1484 i 1538 r. Turcy wydzielili z Mołdawii Budziak, z Kilią, Białogrodem oraz Tehinią, i przyłączyli go do ejaletu Silistry. Do 1812 r., gdy została zajęta przez wojska rosyjskie, Besarabia nie stanowiła oddzielnej jednostki terytorialnej, administracyjnej, czy etnicznej.
Region pozostał w ramach Imperium Rosyjskiego do 1914 roku jako oddzielna gubernia, której nadano nazwę odnoszącą się pierwotnie tylko do Budziaku.
W czasach cesarskiej Rosji nastąpiła kolonizacja regionu osadnikami z Rosji, Turcji (Bułgarzy, Gagauzi) i Niemiec, co umocniło jego multietniczność. Besarabia stała się też częścią strefy osiedlenia Żydów. Według rosyjskiego spisu statystycznego z 1896 roku Besarabię zamieszkiwało około 920 tys. Rumunów (Mołdawian) (50%), ponadto 380 tys. Ukraińców (20%), 230 tys. Żydów (12%), 155 tys. Rosjan (8%) i około 100 tys. Bułgarów (5%). Niewielkie mniejszości stanowili też Cyganie, Grecy, Ormianie, Serbowie, Niemcy, Polacy, Gagauzi i Turcy.