Kiedy Arran zwalczał tendencje wrogie podporządkowaniu Kościoła Szkocji Koronie, Jakub opowiedział się za protestantyzmem. Ukoronowaniem tych działań było uchwalenie w maju 1584 r. „Czarnych Akt”, które mianowały króla zwierzchnikiem Kościoła Szkocji. Akta dawały królowi prawo nominacji biskupów, a duchownym zabraniały poruszania w kazaniach kwestii politycznych.
Nastąpiło również poprawienie stosunków z Anglią, pomimo że to intrygi z Londynu doprowadziły w 1585 r. do upadku Arrana. W lipcu 1586 r. zawarto w Berwick sojusz szkocko-angielski wymierzony przeciwko Hiszpanii. Królowa Elżbieta obiecała Jakubowi roczną pensję w wysokości 4 000 funtów i prawo do dziedziczenia tronu Anglii po jej bezdzietnej śmierci. Dopełnił się też los matki Jakuba, Marii Stuart, od wielu lat więzionej w Anglii – 8 lutego 1587 r. na rozkaz Elżbiety została ścięta w Fotheringhay. Nie wpłynęło to znacząco na wzajemne relacje Jakuba z Elżbietą.
Działalność prawodawcza thumb|Anna, księżniczka duńska, żona Jakuba I W 1590 r. Jakub zdecydował się ożenić z księżniczką duńską Anną, córką Fryderyka II. Ponieważ z powodu złej pogody Anna nie mogła przybyć do Szkocji, król osobiście popłynął po nią do Danii.