Ukrywający się przez pewien czas Karol II w końcu uciekł do Francji; w Szkocji jeszcze kilkakrotnie wybuchały rojalistyczne powstania (największe w latach 1653–1655).
Między innymi dzięki Cromwellowi zostały uchwalone 9 października 1651 roku „akty nawigacyjne” – ustawy decydujące dla kształtowania merkantylizmu w Anglii.
Lord protektor Postępująca niewydolność Parlamentu Kadłubowego i zastój reform spowodowały zamach stanu 20 kwietnia 1653 roku. Cromwell powołał wtedy tzw. Mały Parlament, który jednak szybko upadł, nie spełniając praktycznie żadnej funkcji, a następnie postanowił rządzić samodzielnie. 16 grudnia 1653 roku proklamował konstytucję pod nazwą „Instrument Rządzenia”, która dawała mu pełnię władzy i przyjął tytuł lorda protektora Anglii, Szkocji i Irlandii.
W czasie swego protektoratu Oliver Cromwell wprowadził wiele reform, m.in. rewizję parlamentu, cenzus majątkowy do zasiadania w nim, zlikwidował i uporządkował w dużej części tzw. „zgniłe miasteczka”, zawarł pokój z Portugalią i Holandią (po wygranej I wojnie angielsko-holenderskiej, która wybuchła z powodu Aktów Nawigacyjnych) oraz sojusz ze Szwecją. Zaprowadził tolerancję wyznaniową (pozwolił wrócić do Anglii Żydom, których wygnał król Edward I w XIII w.), zapewnił ład wewnętrzny dzięki powołaniu policji.