Od tego czasu parlament znany był pod nazwą Kadłubowego. Jego postępowanie stało się bardziej radykalne. Musiał także rozwiązać wszystkie problemy związane z biedą i ruiną kraju wynikającą z wojny domowej, problemy religijne i związane z niezadowoleniem w armii. Dodatkowo w 1648 roku rojaliści wywołali powstanie w południowej Walii, szybko jednak stłumione. Udało im się jednak uzyskać poparcie Szkotów, którzy najechali na Anglię. Cromwell stawił im czoło i w dniach 17–19 sierpnia 1648 roku pokonał ich w swojej pierwszej samodzielnej bitwie pod Preston.
Cromwell zdecydował się również ostatecznie rozwiązać problem z monarchą. Jednym z kroków do tego prowadzących, równoznacznym ze spaleniem za sobą mostów, było powołanie Najwyższego Trybunału Sądowego i postawienie przed nim króla, który miał być wspólnym wrogiem wszystkich i przyczyną wszelkich nieszczęść kraju. 30 stycznia 1649 roku Karol I Stuart został publicznie ścięty. Domniemanym komentarzem Cromwella na to miały być słowa „smutna konieczność”. Oznaczało to także likwidację angielskiej monarchii i ogłoszenie w Anglii republiki (19 maja 1649 r.).