Jakub odmówił wypełnienia tych postanowień i utracił swoje godności Lorda Wielkiego Admirała i lorda strażnika Pięciu Portów (brat nadał mu wówczas godność Lorda Wielkiego Admirała Szkocji, gdyż w Szkocji Test Act nie obowiązywał). Katolicyzm Jakuba stał się powszechnie znany. Król Karol nakazał, aby dzieci Jakuba z jego małżeństwa z Anną Hyde (która zmarła w 1671 r.) zostały wychowane w wierze protestanckiej. Zezwolił jednak Jakubowi na poślubienie katolickiej księżniczki – Marii z Modeny.
Ponieważ król Karol II wciąż nie mógł doczekać się potomstwa, coraz prawdopodobniejsza stawała się perspektywa objęcia tronu przez księcia Yorku. Wizja katolika na tronie była jednak nie do przyjęcia dla protestantów. Jakub próbował ułagodzić poddanych, wydając swoją najstarszą córkę Marię za księcia Wilhelma Orańskiego. Na niewiele to się zdało. Niepopularność Jakuba jako następcy tronu była tak duża, że nawiązał do niej nawet Karol II w odpowiedzi na zarzuty brata o poruszaniu się po Londynie z niewystarczającą eskortą: „Bracie, dziękuję Ci za Twoją troskę, ale nikt nie zabije mnie, aby zrobić królem Ciebie”. Na domiar złego na scenę wkroczył niejaki Titus Oates, który rozpowiadał o „papieskim spisku”, mającym na celu zabicie króla Karola i osadzenie na tronie księcia Yorku. Wybuchła antykatolicka histeria.