Król Karol II zmarł w 1685 r. i ojciec Anny został królem Jakubem II. Jego rządy i otaczanie się katolikami nie przysparzały mu sympatii w Anglii. Jego sytuacja pogorszyła się, gdy 10 czerwca 1688 r. królowa Maria z Modeny urodziła syna, Jakuba, katolickiego następcę tronu. Anna nie była przy tym obecna, gdyż podróżowała wtedy do Bath. Perspektywa utrwalenia się katolickiej dynastii doprowadziła do porozumienia dwóch frakcji w angielskim Parlamencie, wigów i torysów, którzy poprosili o objęcie tronu przez Wilhelma Orańskiego. Wilhelm wylądował w Anglii 5 listopada 1688 r. Król Jakub 11 grudnia podjął próbę ucieczki, ale został schwytany. Powiodła się natomiast druga próba, podjęta 23 grudnia.
Podczas tej tzw. chwalebnej rewolucji Anna przebywała w odosobnieniu. Wcześniej korespondowała z Marią, znała plany Wilhelma i się im nie sprzeciwiała. Kiedy Wilhelm przybył do Anglii, Anna, za radą Churchillów, wysłała do niego list, w którym wyrażała poparcie dla jego działań. Odmówiła również popierania działań króla Jakuba. 24 listopada John Churchill uciekł do obozu Wilhelma. 25 listopada uczynił to samo mąż Anny, książę Jerzy. Kiedy 26 listopada Jakub przybył do Londynu, okazało się, że Anna i Sarah poszły w ślady swoich mężów. Uciekły z Whitehallu tylnymi drzwiami i ukryły się w domu biskupa Londynu, Henry’ego Comptona.