Ostatnia wojna imperium, Społeczny Instytut Wydawniczy Znak, 2012, s. 300-301.. W trakcie trwającego dziesięć lat konfliktu jego ugrupowanie urosło do rangi najbardziej znaczącej partii mudżahedińskiej – należeli do niej m.in. Ahmad Szah Masud, Ismael Chan i Zabiullah Chan.
W marcu 1992 główne ugrupowania Tadżyków i Uzbeków, w tym kierowane przez Rabbaniego Stowarzyszenie Muzułmańskie, zawiązały w Mazar-e Szarif Sojusz Północny. 28 kwietnia wojska Sojuszu pod dowództwem Masuda wkroczyły do Kabulu. Po krótkich tymczasowych rządach Sibghatullaha Modżaddediego, 28 czerwca Rabbani objął urząd prezydenta Afganistanu. Za jego urzędowania dochodziło do licznych starć politycznych między jego zwolennikami a zwolennikami Gulbuddina Hakmatjara, Abdurraszida Dostuma i Abdula Alego Mazariego.
Od 1994 Rabbani musiał się zmagać z Talibami – nową organizacją zbrojną, założoną przez studentów szkoły koranicznej w Kandaharze i kierowaną przez mułłę Mohammada Omara. Szybko stali się oni znaczącą siłą i 27 września 1996 zdobyli Kabul, zmuszając rząd Rabbaniego do wycofania się z miasta. Rabbani ustanowił Mazar-e Szarif tymczasową stolicą Afganistanu, jednak większość czasu spędzał w swojej rodzinnej prowincji Badachszan.