Umieszczenie po 1937 r. na ścianie kwatery weteranów powstania styczniowego 205 brązowych tabliczek z nazwiskami powstańców zmarłych w ostatnich latach na terenie Polski był jednym z pierwszych przypadków budowania na cmentarzu grobów symbolicznych – osób zmarłych lub poległych w innych miejscowościach. Takie rozwiązanie było szczególnie często praktykowane na Powązkach po II wojnie światowej.
Podczas obrony Warszawy we wrześniu 1939 r. na cmentarzu chowano poległych żołnierzyStefan Artymowski, Groby żołnierzy polskich na Powązkach, jako przykład pamięci o uczestnikach walk kampanii polskiej w 1939 r. [w:] Dziedzictwo i pamięć Września 1939 na Mazowszu, pod red. T. Skoczka, Warszawa 2013, s. 186., często ofiary bombardowań lotniczych. Po kapitulacji miasta przeniesiono tam ekshumowane ciała żołnierzy pochowanych na miejskich placach i skwerach.
W 1941 r. władze okupacyjne rozpoczęły grzebanie na cmentarzu żołnierzy niemieckich. Niemcy zajęli w tym celu pięciohektarowy teren od strony ulicy Powązkowskiej, nakazując ekshumację znajdujących się tam 59 grobów żołnierzy polskich. Powstał tzw. cmentarz Bohaterów (). Wydzielony teren nekropolii został ogrodzony, a brama główna zamknięta dla ludności polskiej.