W latach 50. XX w. na cmentarzu powstała Aleja Zasłużonych, umiejscowiona w części alei głównej. Została ona zamknięta dwoma rondami i obsadzona tujami. Jej oś centralną zamyka grobowiec Karola Świerczewskiego. Kiedy zabrakło przy niej miejsca, podjęto decyzję, że jej przedłużeniem będą dwie prostopadłe do alei głównej nekropolii aleje: przy głównej bramie przy ul. Powązkowskiej, pomiędzy kwaterami 2 i 4, za grobowcem Bolesława Bieruta, pomiędzy kwaterami 30 i 32 oraz 29 i 31.

1 stycznia 1964 doszło do połączenia cmentarza wojskowego z cmentarzem komunalnym, w wyniku czego przejęty przez miasto obiekt zmienił nazwę na Cmentarz Komunalny-Powązki.

W latach 1963–1964 wzniesiono Dom Przedpogrzebowy zaprojektowany przez Zbigniewa Gnassa przy współpracy Ryszarda Sobolewskiego i Stanisława Lisowskiego. W latach 1965–1969 przebudowano kwatery wojenne.

Oprócz wyodrębnionych kwater na cmentarzu znajdują się liczne pomniki, upamiętnienia i tablice pamiątkowe m.in. pomniki Cichociemnych, 54 członków PPR straconych 16 grudnia 1942, I Brygady Spadochroniarzy poległych pod Arnhem oraz jeńców wojennych rozstrzelanych w Woldenbergu.