25 maja 2010 został redaktorem naczelnym tygodnika „Wprost”. Stanowisko to piastował do lutego 2012. Z „Wprost” zwolniono Lisa, zarzucając mu konflikt interesów w związku z informacjami o tworzeniu przez dziennikarza własnej redakcji nowego portalu, NaTemat.pl, którego jest współwłaścicielem. Lis natomiast zarzucał wydawcy i bezpośrednio prezesowi zarządu Michałowi Lisieckiemu opóźnienia w wypłacie wynagrodzeń. W tej sprawie doszło do procesu z powództwa Lisieckiego. 11 września 2015 Sąd Apelacyjny w Warszawie wydał wyrok w tej sprawie nakazujący Lisowi przeproszenie powoda.
26 marca 2012 objął stanowisko redaktora naczelnego polskiej edycji „Newsweeka”, wydawanego przez spółkę Ringier Axel Springer Polska.
25 stycznia 2016 program Tomasz Lis na żywo zniknął z anteny TVP, sam dziennikarz zakończył współpracę z TVP. W latach 2016–2020 prowadził cotygodniowy program Tomasz Lis, który był emitowany na stronie internetowej tygodnika „Newsweek Polska” oraz przez platformę VOD portalu Onet.pl. Od 2020 audycja nadawana była tylko w wersji płatnej dla subskrybentów na stronie internetowej tygodnika, natomiast w serwisie YouTube pojawiały się krótkie około trzyminutowe urywki z każdego odcinka.