Lis zapowiedział pozwanie stacji za zwolnienie, później obwieścił złożenie pozwu przeciwko TVN, ostatecznie doszło do ugody stron.
W 2018 brał udział w protestach Komitetu Obrony Demokracji przeciwko nowemu rządowi sformułowanemu przez Prawo i Sprawiedliwość.
Kontrowersje W czerwcu 2008 w „Dzienniku” ukazał się tekst Luizy Zalewskiej, w którym dziennikarka przywołała opinie reporterów i pracowników redakcji Wydarzeń, oskarżających Tomasza Lisa i Hannę Smoktunowicz o nieetyczne praktyki, wulgarne zachowanie i regularne poniżanie odwołujące się do ich życia osobistego. Dziennikarze nie zdecydowali się pozwać „Dziennika” ani samej Zalewskiej za wysunięte oskarżenia. W ocenie Rady Etyki Mediów w odcinku programu Tomasz Lis na żywo wyemitowanym 7 grudnia 2009 dopuścił się manipulacji i złamania zasad bezstronnego, obiektywnego dziennikarstwa, wykorzystując antenę TVP do prywatnych spraw i zapraszając do studia, w charakterze niezależnego eksperta, adwokata reprezentującego go przed sądem w sprawie pozostającej w toku. W 2013 Stowarzyszenie Dziennikarzy Polskich nominowało go do antynagrody „Hiena Roku” za „przekroczenie standardów dziennikarskich poprzez publikację okładki opartej na wulgarnych skojarzeniach, obrażającej uczucia religijne i tworzącej negatywne stereotypy”.