Sto lat później, w 553 r, w wyniku dysputy chrystologicznej nad właściwym ujęciem zjednoczenia dwóch natur w Chrystusie, jego dzieła zostały potępione na Soborze Konstantynopolitańskim II, jako jeden z tzw. Trzech rozdziałów. Uznano jego pisma za teologiczne zaplecze koncepcji nestoriańskich.
Pisma Teodoret napisał wiele prac, ale najważniejsze są dwie: Eranistes („Żebrak”, dzieło teologiczne o podwójnej naturze Chrystusa) oraz Hellenikon therapeutike pathematon („Leczenie chorób hellenizmu”, dzieło apologetyczne rozprawiające się z różnymi kwestiami religijnymi ówczesnych czasów). Eranistes („Żebrak”), napisany ok. 447, jest najważniejszym dziełem teologicznym Teodoreta. Składa się z czterech ksiąg. Trzy pierwsze to dialogi o podwójnej naturze Chrystusa: w pierwszej Chrystus przedstawiony jest jako „Niezmienny”, w drugiej jako „Nie zmieszany”, w trzeciej – jako „Nie podlegający cierpieniom”. Księga czwarta zbiera poprzednie dialogi w czterdzieści sylogizmów. Autor cytuje ponad dwieście tekstów, zapożyczonych z prawie dziewięćdziesięciu różnych dzieł patrystycznych. Hellenikon therapeutike pathematon („Leczenie chorób hellenizmu”), napisane przed 437, jest najważniejszym dziełem apologetycznym Teodoreta i ostatnią wielką, w całości zachowaną, starożytną apologią chrześcijańską.