Po roku 1380 między wciągniętymi do wnętrza przyporami wokół ambitu powstał rząd kaplic o wysokości równej halowemu ambitowi. W źródłach pisanych z lat 1380–1387 (Liber s. Jacobi) pisze się o poświęceniu tych kaplic, a w dokumencie z roku 1407 jest wzmianka o nowym chórze. W I połowie XIV wieku oraz w wieku XV miała miejsce przebudowa południowej ściany korpusu nawowego pod kierunkiem być może Hinricha Brunsberga (spotykany też w źródłach jako Henryk z Braniewa). Ta ściana otrzymała bardzo dekoracyjny wygląd (widoczny do dziś) z licznymi lizenami, wimpergami i płycinami bogato zdobionymi glazurowanymi kształtkami. Jednocześnie zachowując pierwotny układ przestrzenny.
W 1456 roku zawaliła się (z nieznanych przyczyn) wieża południowa, co spowodowało zniszczenie zachodniej części korpusu nawowego i sklepień w przęsłach zachodnich. W II poł. XV w. odbudowano korpus nawowy w układzie halowym (w nawiązaniu do istniejącego już halowego prezbiterium) oraz zbudowano jedną centralną wieżę (w miejsce istniejących poprzednio dwóch), pod kierunkiem mistrza Jana (Johanna) Benecke. Prace przy zakończone zostały w 1503 roku, lub 1504 roku. Była to generalna i największa w dziejach kościoła przebudowa kościoła.