Arcybiskup przybył do Polski 5 lipca 1951 i już dwa dni później został ogłoszony nowym metropolitą warszawskim przez Sobór Biskupów PAKP, z pominięciem procedur elekcyjnych przewidywanych przez statut Kościoła. Polskie władze państwowe odnosiły się do jego osoby pozytywnie, mając nadzieję na jego zaangażowanie w działania na rzecz likwidacji Cerkwi greckokatolickiej również w Polsce. Intronizacja metropolity odbyła się 8 lipca 1951 w soborze św. Marii Magdaleny w Warszawie z udziałem zaproszonych znacznie wcześniej reprezentantów Kościołów Rosyjskiego, Bułgarskiego oraz Rumuńskiego. Natomiast Patriarchat Konstantynopolitański uznał wybór nowego zwierzchnika za nielegalny, w związku z wcześniejszym usunięciem z urzędu metropolity Dionizego. Nowy zwierzchnik PAKP nigdy nie przyjął obywatelstwa polskiego, zachowując radzieckie.
Zmiany organizacyjne w Kościele Makary (Oksijuk) przeprowadził gruntowne zmiany w organizacji Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. Dnia 5 września 1951 zlikwidował Warszawski Duchowny Konsystorz Prawosławny i zastąpił go Kancelarią Metropolitalną, nad którą zwierzchnicy Kościoła mieli mieć ścisłą kontrolę. Nadał jej również prawo nadzoru nad całością spraw finansowych PAKP.