W dniach 1–4 czerwca 2007 Polski Narodowy Katolicki Kościół w RP zorganizował wraz ze Światową Radą Narodowych Kościołów Katolickich pierwszą wspólną konferencję w Warszawie. Konferencja rozpoczęła się od uroczystej mszy św. w kościele centralnym PNKK pw. Dobrego Pasterza, której przewodniczył arcybiskup António José da Costa Raposo – zwierzchnik Kościoła Narodowego Portugalii i przewodniczący Światowej Rady Narodowych Kościołów Katolickich.
W dniach 13–23 sierpnia 2011 Pierwszy Biskup PNKK Antoni Mikovsky wraz z bpem Sylwestrem Bigajem, odbył pierwszą, po wyborze na Pierwszego Biskupa, pielgrzymkę do Polski, podczas której odwiedził miejsce urodzin bpa Franciszka Hodura oraz modlił się na grobie męczennika bpa Józefa Padewskiego. 14 sierpnia 2011 biskup Bigaj odprawił uroczystą Mszę św. w kościele Dobrego Pasterza w Warszawie.
7 stycznia 2013 r. Biskup Bigaj został usunięty z PNCC w USA, za samodzielne i nie konsultowane z Pierwszym Biskupem i Radą Kościoła działania związane z utworzeniem Senioratu Misyjnego w Polsce. W kilka miesięcy później Pierwszy Biskup zrezygnował z opieki nad PNKK w RP i nakazał powrót do Kościoła Polskokatolickiego.