W 2004 był pomysłodawcą i redaktorem antologii PL +50. Historie przyszłości, w której współcześni polscy autorzy science-fiction, ale także kilku naukowców i felietonistów opisało swoje wizje Polski w roku 2054.
6 grudnia 2007 ukazała się kolejna powieść Jacka Dukaja – Lód, Książka Roku 2007 w plebiscycie Wirtualnej Polski, Książka Jesieni 2007 w PPNW, nominowana do „Angelusa”, Nagrody im. Józefa Mackiewicza i Nagrody Literackiej Nike 2008.
W marcu 2008 w Wydawnictwie Literackim ukazało się wznowienie zbioru opowiadań W kraju niewiernych w nowej szacie graficznej, w maju – Innych pieśni, w październiku – Czarnych oceanów. W listopadzie 2009 wydano powieść Wroniec, której tło stanowi stan wojenny z 1981Wywiad z Jackiem Dukajem, przeprowadzony od listopada 2008 do lutego 2009 i od maja do lipca 2009.. Zbiór opowiadań Król Bólu ukazał się 25 listopada 2010.
Teksty publicystyczne i recenzje Dukaja publikowane były w „Nowej Fantastyce”, „SFinksie”, „Miesięczniku”, „Framzecie”, „Fantomie”, „Feniksie” „Science Fiction”, „Super Fantastyka Powieść”, „Czasie Fantastyki”.
Film animowany Tomasza Bagińskiego Katedra na podstawie opowiadania Dukaja został w 2003 nominowany do Oscara.