Wskazania do stosowania profilaktyka żylnej choroby zakrzepowo-zatorowej u pacjentów poddawanych zabiegom chirurgicznym ortopedycznym, zabiegom w chirurgii ogólnej i onkologicznej u osób unieruchomionych z powodu ostrych schorzeń, włącznie z ostrą niewydolnością serca, ostrą niewydolnością oddechową, ciężkimi infekcjami, a także zaostrzeniem chorób reumatycznych powodujących unieruchomienie pacjenta profilaktyka tworzenia skrzepów w krążeniu pozaustrojowym podczas hemodializy. leczenie zakrzepicy żył głębokich powikłanej bądź niepowikłanej zatorowością płucną niestabilna dławica piersiowa oraz zawał serca bez załamka Q w skojarzeniu z kwasem acetylosalicylowym świeży zawał serca z uniesieniem odcinka ST (STEMI)
Pierwsze randomizowane podwójnie zaślepione badanie potwierdzające skuteczność enoksaparyny u chorych unieruchomionych z powodu ostrych schorzeń opublikowano w 1999 roku. W trzymiesięcznej obserwacji dawka 40 mg/d podawana podskórnie przez 6–14 dni redukowała ryzyko żylnej choroby zakrzepowo-zatorowej (w porównaniu do placebo i dawki 20 mg/d).