Z powodu prywatnych kłopotów Barretta (długotrwały proces rozwodowy) na kolejnym album Not of This World fani musieli czekać 5 lat. Album uznawany jest za najbardziej emocjonalny wśród płyt grupy, a przez wielu – za najlepszy w ich historii. Krótko po wydaniu albumu, Barrett został uznany „najlepszym gitarzystą roku 2001” przez brytyjski Classic Rock Society. W 2002 zespół wydał koncertowy krążek Acoustically Challenged, nagrany podczas występu na żywo w Trójce w Polsce W 2005 ukazał się kolejny, siódmy album Pendragonu zatytułowany Believe, żywszy i o niejako „młodszym” brzmieniu niż poprzedni krążek. W tym samym roku grupa zagrała swój pierwszy koncert w Ameryce Północnej, w Los Angeles, USA
Niebawem miała miejsce kolejne, po długim okresie spokoju, przetasowanie w szeregach grupy. Po 20 latach wspólnego grania z zespołu odszedł perkusista Fudge Smith, zastąpiony przed młodego muzyka Joego Crabtreego. W odnowionym składzie zespół wyruszył na swoją największą jak dotąd trasę koncertową.