W maju 1946 Peiper stanął wraz z grupą swoich żołnierzy z Waffen-SS przed amerykańskim sądem wojskowym w Dachau pod zarzutem dokonania zbrodni wojennych i został 11 lipca skazany na karę śmierci. Peiper nie przyłączył się do rozpatrzonych w procesie skarg podkomendnych na rzekome maltretowanie w śledztwie i skomentował je prywatnie jako zdradę. Po przegranym procesie i nieskutecznej apelacji do Sądu Najwyższego amerykański adwokat esesmanów uruchomił kampanię prasową i polityczną, która przy poparciu m.in. senatora McCarthy’ego, magazynu The Progressive, dwóch niemieckich biskupów i środowisk byłych nazistów podważała sprawiedliwość wyroku. Mimo że żadna z komisji sądowych nie znalazła wystarczających dowodów, by unieważnić śledztwo, a kolejni dowódcy EUCOM podtrzymywali słuszność werdyktu z 1946, kara dla Peipera została w 1951 z pobudek politycznych zamieniona na dożywotne więzienie, a następnie skrócona.