Problemy z kompatybilnością Wdrażanie UEFI wiązało się z błędami w implementacji. Próba uruchomienia systemu Ubuntu (w wersji Live CD) na niektórych ultrabookach firmy Samsung powodowała trwałe uszkodzenie płyty głównej lub zablokowanie dysków twardych w sposób uniemożliwiający ich wykrycie przez firmware.
Secure Boot Systemy operacyjne (m.in. Windows 11) oraz gry komputerowe mogą wymagać aktywacji funkcji „Bezpieczny rozruch” (). Mechanizm ten służy ochronie integralności systemu poprzez blokowanie ładowania niepodpisanego lub złośliwego oprogramowania (np. typu rootkit) przed startem OS. Jest to jeden z elementów modelu bezpieczeństwa Windows, funkcjonujący obok modułu TPM 2.0 oraz wirtualizacji zabezpieczeń (VBS/HVCI).
Wymóg aktywnego Secure Boot stosują także niektóre systemy przeciwdziałające oszustwom w grach sieciowych (działające w trybie jądra, np. EA Javelin Anticheat), co ma uniemożliwić ingerencję w procesy gry. Może to prowadzić do problemów z kompatybilnością, w tym konfliktów ze sterownikami, narzędziami do overclockingu lub oprogramowaniem sterującym podświetleniem komponentów. Ingerencja w klucze szyfrujące UEFI wiąże się również z ryzykiem utraty dostępu do danych na partycjach zaszyfrowanych (np.