Próbując ucieczki od Rosjan (ze względu na fakt ukrywania go przez Ukraińca), latem 1944 roku został zatrzymany przez milicjantów i pod groźbą zesłania na Sybir wcielony do Ludowego Wojska Polskiego.

Po wojnie podjął studia na Wydziale Reżyserii PWSFTviT w Łodzi, które ukończył w 1954. Na początku kariery był asystentem reżysera w filmach Wandy Jakubowskiej i Andrzeja Wajdy (Kanał). Był II reżyserem w filmach Lotna, Pokolenie oraz Popiół i diament. Jako reżyser zadebiutował filmem Do widzenia, do jutra.

Największy rozgłos przyniosły mu oryginalne współczesne dramaty, poruszające problemy młodych ludzi: Do widzenia, do jutra, Jowita, Trzeba zabić tę miłość. Wielką popularnością cieszyły się również zrealizowane przez niego pod koniec lat 60. seriale telewizyjne Stawka większa niż życie i Kolumbowie oraz późniejsze Polskie drogi.

Wyreżyserował też szereg spektakli Teatru Telewizji (m.in. Arszenik i stare koronki na podstawie sztuki Josepha Kesselringa oraz Herbatka u Stalina wg Ronalda Harwooda). Od 1990 pracował jako producent filmów. W 2004 Antoni Krauze stworzył filmowy portret Morgensterna zatytułowany Ćwiczenia z niepamięci.