Po pracy szkoleniowej w Górniku powrócił do Szwajcarii i trenował zespół U-21 w FC Zürich, po czym, w sezonie 2006 / 2007, objął funkcję pierwszego trenera w FC Aarau, z którego został zwolniony po trzech sezonach pracy. Od sezonu 2009/10 prowadził Górnik Zabrze, którego przez wiele lat był zawodnikiem, jednak 15 grudnia 2009 roku został zwolniony z funkcji trenera pierwszego zespołu. W 2010 roku był trenerem szwajcarskiego zespołu FC Wil 1900. Od 2011 do 2012 był koordynatorem egipskiego zespołu El Gouna FC. W 2012 był trenerem szwajcarskiego zespołu FC Wohlen, a od 2012 do 2013 FC Luzern. W 2013 roku Komornicki był trenerem FC Chiasso. W sezonie 2014/2015 trenował szawajcarską IV-ligową drużynę United Zurich. 12 marca 2019 roku podpisał półtoraroczną umowę na prowadzenie II-ligowej Siarki Tarnobrzeg. Posiada trenerską licencję UEFA Pro. 8 marca 2020 roku został tymczasowym trenerem GKS Tychy po zwolnieniu Ryszarda Tarasiewicza. Od października 2020 był asystentem Jeffa Saibene w 1. FC Kaiserslautern. W lipcu 2021 został trenerem szwajcarskiej drużyny FC Wohlen.
Działacz 9 czerwca 2016 ogłoszono, że obejmie on stanowisko dyrektora sportowego, odradzającego się po upadłości, III-ligowego Widzewa Łódź. 10 lipca 2019 roku został dyrektorem sportowym spółki K.P GKS Tychy S.A.