Rozród Minóg rzeczny jest bezżuchwowcem wędrownym. W okresie tarła wpływa z morza do rzek. Pozbywa się lęku przed światłem, dzięki czemu może przebywać nawet w najpłytszych wodach. Przemianom ulega wtedy także ciało zwierzęcia: przybiera ono odcień brązowy, w przewodzie pokarmowym zachodzi atrofia, zęby tępieją. Powoduje to zaprzestanie żeru.
Inne fizyczne zmiany u minoga rzecznego zachodzące podczas tarła to powiększenie się płetw grzbietowych oraz rozpulchnienie spodu ciała w okolicy odbytu, a samcom wyrasta tam długa rureczka. Samiec wygrzebuje w podłożu jamę, przyczepia się do karku samicy i owija wokół jej ciała, tak by ich kloaki znajdowały się blisko siebie. Złożone przez samicę jaja są zapładniane, po czym oba minogi zasypują gniazdo. Minogi trą się tylko kilka sekund, przy czym liczba złożonych jaj wynosi od 10 do 25 tysięcy. Po tarle osobniki dorosłe giną.