Od 1991 roku był członkiem zagranicznym Polskiej Akademii Nauk; doktoraty honoris causa otrzymał m.in. od Akademii Medycznej w Poznaniu (1998) i Warszawie (2000) oraz Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego (28 listopada 2008). 24 maja 2007 roku Rada Miasta Stołecznego Warszawy przyznała mu tytuł Honorowego Obywatela, dyplom odebrał 31 lipca 2007 roku, w przeddzień Dnia Pamięci Warszawy. 25 maja 2007 roku otrzymał tytuł Honorowego Obywatela Celestynowa. Kawaler Orderu Uśmiechu.
W 2010 roku został laureatem pierwszej edycji konkursu Wybitny Polak, organizowanego przez Fundację Polskiego Godła Promocyjnego Teraz Polska.
W 100. rocznicę odzyskania przez Polskę niepodległości (2018) prezydent RP Andrzej Duda odznaczył go pośmiertnie Orderem Orła Białego..
Upamiętnienie mały|Tablica przed szkołą w Celestynowie Hilary Koprowski jest patronem Gdańskiego Parku Naukowo-Technologicznego.
12 czerwca 2014 roku została odsłonięta tablica poświęcona profesorowi Hilaremu Koprowskiemu przy Publicznej Szkole Podstawowej im. Batalionu „Zośka” w Celestynowie, która mieści się na dawnej działce profesora.
Nazwiskiem Hilarego Koprowskiego zostały nazwane ulice w Celestynowie, Warszawie oraz Gdańsku.
W 2025 został patronem 29.