Starała się wówczas na modlitwie rozwiązywać wszystkie trudne sprawy.
Z biegiem lat coraz bardziej zapadała na zdrowiu (od 1911 była pod stałą opieką lekarzy). Jeden z jej lekarzy prowadzących dr Kramarzyński tak określił jej zdrowie:
Cierpienia i dolegliwości wzmogły się z końcem lat trzydziestych i w pierwszych miesiącach II wojny światowej, kiedy zaczęła jej organizm atakować cukrzyca. Zmarła 23 września 1940 o godz. 7:45 w klasztorze, w Krakowie po krwotoku z nosa i ust. Pogrzeb z licznym udziałem duchowieństwa i wiernych odbył się 25 września, któremu przewodniczył bp Stanisław Rospond.
Została początkowo pochowana na Cmentarzu Rakowickim, a następnie jej zwłoki zostały przeniesione 23 września 1949 z grobu ziemnego do grobowca. 20 marca 1984 po przeprowadzonej ekshumacji na Cmentarzu Rakowickim, ostatecznie jej szczątki zostały przeniesione i złożone 22 marca tegoż roku do sarkofagu prezbiterium albertyńskiego Sanktuarium Ecce Homo św. Brata Alberta w Krakowie przy ul. Woronicza 10, obok domu generalnego. thumb|Miejsce spoczynku bł. Bernardyny Jabłońskiej, Sanktuarium Ecce Homo św. Brata Alberta w Krakowie. Warto dodać, że 21 lutego 2016 ks. prałat dr Stanisław Słowik, dyrektor Caritas Diecezji Kieleckiej wprowadził do kościoła pw. Wszystkich Świętych w Brzezinach niewielką część relikwii bł.