Żołnierze zniszczyli też wówczas znaczną część wyposażenia kościołaGłowiński s. 31.Maliniak J.: Dzieje parafii św. Elżbiety po II wojnie światowej, w: Żerelik & Maliniak, s. 38.. Wraz z drobniejszymi uszkodzeniami budowli w pozostałym okresie walk o miasto szacuje się, że świątynia została zniszczona w 30–50%Maliniak s. 38, w: Żerelik & Maliniak.. Tym niemniej nabożeństwa wznowiono tu już 3 VI 1945 r., a pierwsze prace porządkowe i zabezpieczające rozpoczęto wkrótce po kapitulacji garnizonu niemieckiegoGłowiński s. 33, w: Żerelik & Maliniak., kontynuując je w 1946Głowiński s. 38, w: Żerelik & Maliniak.. W większym zakresie przeprowadzono prace remontowe dachu w drugiej połowie 1948Maliniak s. 51, w: Żerelik & Maliniak.. Zasadniczą fazę odbudowy kościoła przeprowadził proboszcz Roman Karapczyński. W roku 1952, oprócz kolejnego etapu naprawy dachu, odbudowano zniszczone sklepienia, zamurowane pęknięcia i ubytki w murach ścian, położono brakujące posadzki, oszklono oknaMaliniak s. 56, w: Żerelik & Maliniak.. W 1965 r. wyremontowano fasadę przednią (zachodnią, z głównym wejściem), odbudowując jej szczyt z nowych materiałów: luksferu i betonu i zastępując zniszczoną rozetę witrażemMaliniak s. 59.Gabiś A.: Kościół, klasztor i szpital sióstr elżbietanek w zbiorach Archiwum Budowlanego we Wrocławiu, w: Żerelik & Maliniak s. 216–218..