Jerzy Litwin (2001–2018) dr Robert Domżał (2019–2024) Szymon Kulas (od 2025, od 2024 jako p.o.)
Kierownictwo Szymon Kulas – dyrektor Marcin Westphal – zastępca dyrektora Dorota Nahajowska – zastępca dyrektora
Oddziały Muzeum Spichlerze na Ołowiance (Gdańsk) – siedziba Muzeum; w głównym budynku Muzeum można zwiedzić trzy wystawy stałe: „Polacy na morzach świata”, „Archeologia Morska i Nurkowanie”, „Galerię Morską” (ekspozycja malarstwa marynistycznego) oraz wystawy czasowe; oprócz wystaw znajdują się tam m.in. archiwum, biblioteka z czytelnią i sala konferencyjna. Żuraw (Gdańsk) – budynek dawnej bramy miejskiej z dźwigiem (zbudowanej w XV wieku, w latach 50. XX wieku odbudowanej po zniszczeniach wojennych), 30.04.2024 obiekt otwarto ponownie po kilkuletnim remoncie. Ośrodek Kultury Morskiej (Gdańsk) – powstały w 2012 oddział jest nowoczesnym centrum edukacji morskiej, w którym na szeroką skalę prowadzone są zajęcia edukacyjne dla grup szkolnych; znajdują się tam dwie wystawy stałe: „Ludzie – statki – porty” (wystawa interaktywna o tematyce morskiej) i „Łodzie ludów świata” (kolekcja egzotycznych łodzi z różnych stron świata) oraz wystawa czasowa, Statek-muzeum Sołdek (Gdańsk) – pierwszy statek pełnomorski zbudowany w Polsce po II wojnie światowej (1949);