W 2000 roku odbyły się igrzyska olimpijskie w Sydney, Nakata zdobył bramkę przeciwko Słowacji. Japonia zagrała w ćwierćfinale remisując 2-2 i odpadając w karnych. Nakata jako jedyny nie wykorzystał jedenastki trafiając w słupek. Dwa lata po mundialu odbył się puchar Azji. Japonia wygrała turniej. Nakata nie został powołany ze względu na kontuzję. 4 lata później na kolejnym pucharze Azji, Japończyk także nie wystąpił, a Japonia zdobyła pierwsze miejsce kolejny raz.
Puchar Konfederacji w 2001 roku Po trzech meczach Japonia wyszła z grupy zdobywając 7 punktów. W półfinale zmierzyli się z Australią, którą pokonali. Gola zdobył Nakata po mocnym uderzeniu z rzutu wolnego. Zdobył drugie miejsce turnieju, co było dużym sukcesem. Nie zagrał jednak w finale, ponieważ był bardzo potrzebny w swoim klubie. Został nagrodzony brązową piłką.