W marcu 2001, Lieberman został mianowany ministrem infrastruktury, ale zrezygnował z tego stanowiska w marcu 2002 roku. W 2003 roku Nasz Dom Izrael startował w koalicji z Unią Narodową, Lieberman zdobył ponownie mandat poselski, jednak już 26 marca z niego zrezygnował, by objąć tekę ministra transportu (jego miejsce w Knesecie zajął Eli’ezer Kohen). Lieberman ostro opowiadał się przeciwko planowi likwidacji osiedli żydowskich w strefie Gazy, zamiast tego w maju 2004 roku zaproponował separację terytoriów zamieszkanych przez obie nacje. Plan ów stanowił, iż tylko ci Arabowie, którzy czują się „związani z Państwem Izrael” i byli „całkowicie mu lojalni”, mogliby pozostać w Izraeluhttps://web.archive.org/web/20090727125115/http://www.haaretz.com/hasen/pages/ShArt.jhtml?itemNo=433141.. Jednak 30 maja premier Ariel Szaron odrzucił plan Liebermana, oświadczając m.in. „Uznajemy izraelskich Arabów za część Państwa Izrael”.