W 1999 roku został wydany czwarty album zespołu pt. Dawn of the Apocalypse. Po nagraniach z zespołu został zwolniony Thorn borykający się z uzależnieniem od narkotyków i alkoholu. Początkowo do zespołu powrócił Jeff Gruslin, jednakże ostatecznie nowym wokalistą został Jake Raymond.
W 2002 roku z zespołu odeszli wokalista Jake Raymond i basista Ron Green. W 2003 roku został wydany piąty album formacji pt. Dechristianize. Zespół do współpracy zaprosił wokalistę grupy Deicide - Glena Bentona. Również w 2003 roku firma Yavcom Guitars opracowała sygnowany model gitary dla Tony'ego Lazaro pod nazwą The Crucifire.
W maju 2004 roku zespół odbył amerykańska trasę koncertową z towarzyszeniem zespołów The Black Dahlia Murder, Cattle Decapitation oraz Watch Them Die. W październiku 2005 roku formacja dała szereg koncertów w Polsce. Podczas występów grupa wykonała interpretację utworu "Carnal" z repertuary Vader zadedykowaną zmarłemu perkusiście Krzysztofowi "Docentowi" Raczkowskiemu.