Pierwsze miejsce zajął rządzący gubernator Jewgienij Sawczenko, drugie miejsce – kandydat Komunistycznej Partii Federacji Rosyjskiej Michaił Bieschmielnicyn. W styczniu 2000 roku został wybrany na stanowisko Wiceprzewodniczącego Dumy trzeciej kadencji, a zatem oddał przywództwo frakcji parlamentarnej LDPR. Liderem frakcji został jego syn – Igor Lebiediew. W wyborach prezydenckich w 2000 roku zajął piąte miejsce wśród jedenastu kandydatów z wynikiem 2,7%. W wyborach prezydenckich w 2004 roku Żyrinowski nie brał udziału, natomiast partia nominowała na kandydata byłego ochroniarza Żyrinowskiego Olega Malyszkina, który zajął ostatnie miejsce z wynikiem 2,02%. W 2008 roku kandydował na stanowisko Prezydenta Federacji Rosyjskiej, zajął trzecie miejsce z wynikiem 9,35%. W grudniu 2011 roku, jego syn Igor Lebiediew został wybrany na Zastępcę Przewodniczącego Dumy Państwowej szóstego zwołania i zrezygnował z przywództwa frakcji parlamentarnej Liberalno-Demokratycznej Partii Rosji. W związku z tym Żyrinowski ponownie został szefem frakcji LDPR w Dumie. 28 grudnia 2011 zarejestrował się jako kandydat w wyborach prezydenckich w 2012 roku. Głównym hasłem, którego używał, było „Żyrinowski albo będzie gorzej” albo „Żyrinowski. I będzie lepiej.” Zajął 4.