W 1923 roku władze polskie wmurowały w dom przy ul. Kopernika 15 granitową tablicę pamiątkową. Tablica została ukryta we wrześniu 1939 roku. Po wojnie powieszono ją we wnętrzu kamienicy. W 1938 roku zdjęto tablicę z domu na rogu ul. Piekary i Starotoruńskiej. Niemiecka tablica została wywieziona przez wojska niemieckie w 1945 roku.
Pod koniec lat 60. XX wieku rozpoczęto remont generalny Starego Miasta w Toruniu. Pracę objęły również Dom Mikołaja Kopernika. Od 1973 roku w odrestaurowanym budynku mieści się Muzeum Okręgowe Dom Mikołaja Kopernika.
Według ustaleń historyka Tomasza Jasińskiego z 1985 roku, domem Kopernikiem okazała się sąsiednia kamienica, położona przy ul. Kopernika 15. Parcela obejmowała dwie działki. Na nich wybudowano murowaną dwupiętrową kamienicę, z dekoracyjną elewacją, zwieńczoną ozdobnym szczytem. Na tyłach ulokowano duży magazyn gospodarczy. Po latach tablicę upamiętniającą narodziny Mikołaja Kopernika przeniesiono do sąsiedniej kamienicy.