W czasach warmińskich zamek był własnością kapituły warmińskiej, która miała siedzibę we Fromborku. Kapituła składała się z 16 kanoników. Pod względem militarnym podlegał bezpośrednio wójtowi kapitulnemu, który urzędował na zamku w Pieniężnie (Melzaku). Wójt kapitulny dowodził też chorągwią, którą kapituła wystawiała w czasie wojny z obu komornictw. Zamek pełnił też rolę administracyjną. Był siedzibą komornika olsztyńskiego (pierwszy miał na imię Sanglade). Znajdowało się tutaj też mieszkanie dla administratora dóbr kapitulnych, którym był jeden z kanoników fromborskich. Administrator mieszkał tu i zarządzał podczas swoich wizytacji w komornictwie olsztyńskim.
Zamek odegrał rolę obronną już krótko po wybudowaniu. Obronił się 21 stycznia 1356 podczas dużego najazdu Litwinów pod wodzą Kiejstuta i Olgierda, którzy spustoszyli wówczas komornictwo olsztyńskieChronicon seu Annales Wigandi Margurbensis, wyd. J. Voigt, E. Raczyński, Poznań 1842, s. 101.. Najazdy litewskie powtarzały się aż do końca XIV wieku, więc miasto było umacniane, a na zamku zlokalizowano magazyny żywności.