Z młodzieżową reprezentacją został wicemistrzem Europy do lat 21. Z reprezentacją Hiszpanii U-23 wziął udział w Letnich Igrzyskach Olimpijskich 1996 w Atlancie. Natomiast z seniorską reprezentacją swojego kraju dwukrotnie dochodził do ćwierćfinału wielkich turniejów – na EURO 2000 oraz mistrzostwach świata w Korei Południowej i Japonii. Ogólnie w dorosłej reprezentacji Hiszpanii rozegrał 40 spotkań, w których zdobył 8 bramek.
Kariera klubowa CD Castellón Jako junior występował w takich zespołach jak Deportes Tonin i Oropesa CF. Profesjonalną karierę rozpoczynał w klubie CD Castellón. 1 lipca 1991 roku został przeniesiony do pierwszej drużyny tego zespołu, która wówczas występowała w Segunda División. W sezonie 1991/1992 jego ekipa ukończyła rozgrywki na 15. miejscu, a Mendieta rozegrał w nich 16 spotkań.
Valencia CF 1 lipca 1992 roku przeszedł do klubu Valencia CF, jednak kwota odstępnego jest nieznana. W nowym klubie, w sezonie 1992/1993, rozegrał 2 mecze w barwach pierwszego zespołu oraz 31 w drużynie rezerw. Wówczas pierwszy zespół, który występował w Primera División, zakończył te rozgrywki na 4. pozycji. W następnym sezonie zaczął częściej grać w barwach pierwszego zespołu – wystąpił w nim w 20 meczach oraz w 17 spotkaniach drużyny rezerw.