Wcześniej, zanim podjął się tej misji, przeprowadził reformę Kościoła na terenie swojej ojczyzny – Pomorza. W grudniu 1534 Bugenhagen przybył do Trzebiatowa i uczestniczył w sejmie trzebiatowskim, podczas którego książęta Gryfici narzucili stanom pomorskim reformację. Bugenhagen został wyznaczony do opracowania nowej zreformowanej liturgii i przeprowadzenia wizytacji parafii diecezji kamieńskiej. W 1535 wydana została jego Ordynacja Kościelna. W tym samym roku w asyście książąt pomorskich odwiedził: Słupsk, Sławno, Darłowo, Szczecin, Gryfice, Wolin, Greifswald, Anklam i Pasewalk. Brał również udział w wizytacjach przekształconych w dobra książęce klasztorów Neuenkamp i Eldena.
Po śmierci Marcina Lutra zorganizował jego pogrzeb, a także zaopiekował się jego żoną i rodziną. Odmówił wielokrotnie proponowanych mu godności biskupich, w tym urzędu biskupa kamieńskiego. Chciał pozostać jedynie kaznodzieją i teologiem.