Przez kolegów z FBI jest jednak uważany za nawiedzonego fanatyka, ponieważ nie tylko wierzy głęboko w istnienie zjawisk nadprzyrodzonych, ale i wciąż stara się ujawnić rządową konspirację mającą na celu ukrycie m.in. kontaktów rządu z istotami pozaziemskimi. Zainteresowanie tymi tematami wzbudziło w nim bezpowrotne zaginięcie jego siostry Samanthy, która – jak wierzy Mulder – została porwana przez kosmitów, kiedy oboje byli dziećmi. Jest daltonistą. Uzależniony od słonecznika. Jego największym hobby jest koszykówka.
Na przestrzeni wielu lat Mulderowi kilkukrotnie wydawało się, że jest na tropie, albo że wręcz odnalazł siostrę, jednak były to podstawione osoby lub klony porwanej dziewczynki. W końcu okazało się, że Samantha od dawna już nie żyje – kilka lat po porwaniu uciekła z rządowego ośrodka, w którym ją przetrzymywano i została uratowana od tropiących ją prześladowców przez istoty duchowe, które zabrały jej duszę do lepszego miejsca.