W 2001 został nagrany Isolation Drills z Robem Schnapfem, który miał na celu uchwycić jeszcze żywszy dźwięk niż zrobił Ocasek. Choć album zadebiutował w Billboard Top 200 i otrzymał lepsze recenzje niż jego poprzednik, nie osiągnął oczekiwanego przełomu radiowego.
Późniejsze lata (2002-2004) Po odejściu z TVT w 2002 roku, Guided by Voices powrócił do Matador i wydał album Universal Truths and Cycles, było to odejście od poprzednich dwóch albumów aspirujących o rozgłos radiowy i powrót do brzmień zespołu z połowy lat 90. W roku 2003 wydany został album Earthquake Glue.
W 2004 roku Pollard ogłosił rozpad zespołu. 9 listopada 2004 Guided by Voices zagrał na scenie Austin City Limits, występ został wyświetlony przez PBS w dniu 22 stycznia 2005 roku. Ich ostatni występ telewizyjny odbył się 2 grudnia 2004 roku. Grali singiel „Everybody Thinks I’m a Raincloud (When I’m Not Looking)”. Po zagraniu ostatnich koncertów w USA, Guided By Voices zagrał swój ostatni koncert w The Metro w Chicago, 31 grudnia 2004 roku. Czterogodzinny, 63-piosenkowy maraton został udokumentowany na DVD The Electrifying Conclusion.