Po spotkaniu w Homburgu i zerwaniu współpracy "białych" z "czerwonymi" Kajetan przyjął postawę umiarkowaną i na chwilę zawiesił działalność konspiracyjną.
„Ćwiek” wraz z Emilią utworzyli oddział w czerwcu. Z mianowania Rządu Narodowego oddział otrzymał nazwę Piątego Oddziału Wojsk Narodowych Województwa Lubelskiego Oddział Kajetana Cieszkowskiego, lecz potocznie nazywany był Ćwiekami od pseudonimu swojego naczelnika. W pierwszych dniach sierpnia Cieszkowski połączył się z oddziałem Eminowicza oraz Ruckiego. Połączone oddziały zajęły Chełm i odniosły zwycięstwo pod Depułtyczami 5 sierpnia. Następnie Cieszkowski przemieścił się w Sandomierskie oraz Radomskie. Po kilku bitwach oddziały „Ćwieka” i Eminowicza rozłączyły się. Cieszkowski brał jeszcze udział w bitwie pod Ireną, Panasówką i Batorzem. Na początku października zachorował i wyjechał na leczenie do Paryża, tam zaczął pisać swój pamiętnik. Wrócił na pole bitwy w grudniu, lecz powstanie miało się już ku upadkowi. Był naczelnikiem jednego z najdłużej utrzymujących się oddziałów odznaczającego się również wielką walecznością.