8 stycznia 1499 r. Anna poślubiła w końcu Ludwika XII. Tym razem udało się Annie utrzymać tytuł księżnej Bretanii. Ludwik przyjął tytuł księcia-małżonka i aczkolwiek to on sprawował realną władzę w Bretanii, wszystkie decyzje wydawał w imieniu żony.
Jako księżna Anna broniła niepodległości swego księstwa. W 1501 r. zaręczyła swoją i Ludwika córkę, Klaudię, z Karolem Habsburgiem. Miało to służyć umocnieniu francusko-hiszpańskiego porozumienia i utrwaleniu francuskich sukcesów we Włoszech. Ludwik XII doprowadził jednak do zerwania zaręczyn, kiedy stało się jasne, że nie doczeka się z Anną męskiego potomka. Zaaranżował więc małżeństwo Klaudii ze swoim następcą, Franciszkiem Walezjuszem. Anna sprzeciwiała się temu małżeństwu i aż do śmierci odmawiała jego uznania. Próbowała nawet przekazać Bretanię swojej młodszej córce, Renacie. Małżeństwo Klaudii i Franciszka doszło do skutku dopiero po śmierci Anny.
Śmierć thumb|200px|Relikwiarz na serce królowej Anny Anna nie przeżyła zimy z 1513 na 1514 r. Zmarła 9 stycznia na zamku w Blois. Przyczyną śmierci była kamica nerkowa. Została pochowana w bazylice Saint-Denis. Pogrzeb był bardzo wystawny i trwał 40 dni.