Fabuła Nastoletnia Lara Croft i jej mentor, Werner von Croy, w 1984 roku poszukują artefaktu w Angkor Wat. Profesor aktywuje pułapkę, zmuszając Larę do ucieczki i pozostawienia go. W 1999 roku bohaterka bada grobowiec Seta, w którym według podań uwięziony ma być rzeczony bóg. Po odnalezieniu legendarnego Amuletu Horusa zostaje zdradzona przez swojego przewodnika, potajemnie pracującego dla von Croya, i nieumyślnie doprowadza do uwolnienia Seta. Wraz ze swoim znajomym, Jeanem-Yves’em, udaje się do ruin pod Karnakiem i dociera do grobowca Semercheta – sojusznika Horusa, będącego wrogiem Seta.
Semerchet, przewidując przed tysiącami lat taki obrót wydarzeń, pozostawił instrukcje odnośnie do tego, jak na przełomie tysiącleci przywołać na świat Horusa za pomocą jego zbroi i amuletu. Artefakt zostaje wykradziony przez von Croya, a Lara i Jean-Yves wyruszają w pogoń za nim i jego poplecznikami. W pałacu Kleopatry w Aleksandrii odnajdują zbroję, jednak Jean-Yves zostaje porwany przez von Croya, który chce wymienić go za artefakt. W drodze do Kairu, gdzie ma dojść do wymiany, profesor zostaje opętany przez Seta.