W roku 1844 zamierzał wystartować w wyborach prezydenta Stanów Zjednoczonych, z programem zniesienia niewolnictwa.

15 marca 1842 Joseph Smith został przyjęty do masonerii otrzymując pierwszy stopień w loży. Następnego dnia przyznano mu drugi i trzeci z najwyższych stopni w loży masońskiej. Wkrótce też założył Lożę w Nauvoo, do której należeli również inni przywódcy Kościoła. Ten fakt miał wpłynąć na wystrój Świątyni Nauvoo i następnych mormońskich świątyń, styl ubrania świątynnego zakładanego podczas ceremonii świątynnych czy też wykonywane przez wiernych gesty („uchwyty ręki”).

Joseph Smith pozostał przywódcą Kościoła do 27 czerwca 1844, kiedy został zabity przez przeciwników Kościoła i jego byłych członków w miejscowości Carthage (w stanie Illinois).

Wielożeństwo W czasie swej działalności w latach 1831–1843 Joseph Smith miał otrzymywać objawienia, dopuszczające i nakazujące pod określonymi warunkami przyjęcie praktyki poligamii, wzorowanej na przykładach starotestamentalnych. W konsekwencji Smith pojął wiele żon, a praktyka poligamii praktykowana przez ponad pół wieku do roku 1890 w Stanach Zjednoczonych i do 1904 w Meksyku i Kanadzie, stała się jednym z podstawowych zarzutów wobec Smitha i nowo powstałego Kościoła.