Projekty Moszyńskiego i Merliniego również nie zostały zrealizowane. Wygląd pałacu w tym okresie widoczny jest na obrazie Canaletta z około 1778.
W grudniu 1782 roku pałac spłonął. Pożar uwiecznił na dwóch rysunkach Jan Piotr Norblin, który był świadkiem wydarzenia. Po pożarze, który strawił dużą część wnętrza, pałac został do grudnia 1783 roku odbudowany według projektu Dominika Merliniego. Podczas tych prac pokryto dach blachą w miejsce dachówki i zlikwidowano lukarny w elewacjach bocznych. Wygląd zewnętrzny pałacu zmienił się niewiele, natomiast wewnątrz zmieniono przeznaczenie części pomieszczeń, wykonano nowe zdobienia, zaś na drugim piętrze zlikwidowano mieszkania urzędników.thumb|Plac Krasińskich około 1900, w głębi pałac Krasińskich|242x242pxthumb|Pałac Krasińskich przed 1939|242x242px
Zabory
W 1795 carskie władze wojskowe wywiozły z pałacu wyposażenie. W 1796, gdy Warszawa przypadła Prusom, w pałacu wyłożono księgi do złożenia podpisów poddańczych po hołdzie oddanym królowi Prus Fryderykowi Wilhelmowi II. W latach 1807–1812 w gmachu mieściły się urzędy Księstwa Warszawskiego. W 1817 powierzono Piotrowi Aignerowi przygotowanie projektu odrestaurowania i rozbudowy pałacu oraz uporządkowania placu przed pałacem.