Po zamknięciu budowy z dnia na dzień tysiące drogich urządzeń przeznaczonych do montażu w elektrowni stały się bezużyteczne. Jeden z czterech reaktorów zezłomowano, drugi odkupiła od Polski za symboliczną kwotę elektrownia jądrowa Loviisa, trzeci znalazł się w Centrum Szkoleń Elektrowni Jądrowej Paks na Węgrzech, a ostatni pozostał w Pilznie u producenta.
Wraz z przekazaniem terenu elektrowni samorządowi lokalnemu rozpoczął się okres niszczenia budynków i urządzeń EJŻ, w tym kradzieży. Często przytaczanymi przykładami tego zjawiska były kompletnie zdewastowany luksusowy hotel robotniczy oraz nowoczesny Ośrodek Pomiarów Zewnętrznych. Zdarzały się też przypadki wandalizmu, także ze strony osób zatrudnionych do ochrony majątku elektrowni (np. wybijanie szyb). Część budynków, np. cztery piętrowe baraki administracyjne pochodzące z początków budowy, rozebrano dopiero w sierpniu-wrześniu 2020Żarnowiec. Znikają kolejne obiekty po polskiej elektrowni jądrowej.