Najbardziej aktywnymi uczestnikami protestów były organizacje aktywistów, a wśród nich przede wszystkim: Franciszkański Ruch Ekologiczny (FRE), który od 1986 do 1988 zorganizował serię wykładów prezentujących potencjalne zagrożenia budową elektrowni, serię minikonferencji w Gdańskim Towarzystwie Naukowym, a następnie czynnie przyłączył się do protestów; do najbardziej znanych działaczy tego ruchu należeli Jerzy Jaśkowski, Władysław Dobrowolski i Tomasz Burek Gdańskie Forum Ekologiczne, które postawiło sobie za jeden z głównych celów niedopuszczenie do rozwoju energetyki jądrowej w Polsce i było głównym organizatorem trwających od 1988 publicznych akcji protestacyjnych, polegających na organizowaniu manifestacji przed bramami budowy, rozrzucaniu ulotek w Trójmieście, wysyłaniu setek listów do władz organizacje ogólnopolskie, w tym: Ruch Wolność i Pokój (WiP) oraz „Wolę być”, które stosowały najostrzejsze formy protestu w postaci licznych akcji blokowania dróg razem z miejscową ludnością oraz 63-dniowej głodówki. Uczestnicy protestu powoływali się też na negatywną ocenę bezpieczeństwa uruchomienia elektrowni dokonaną przez pracowników Państwowej Agencji Atomistyki, Andrzeja Wierusza i Mirosława Dakowskiego.