Ze względu na pogarszającą się pogodę miejsce lądowania zostało przesunięte o 400 km. W 195 godzinie 7 minucie ekipa ratownicza nawiązała kontakt wzrokowy z kapsułą. Operacje ratownicze miały jednak przebieg inny niż w czasie dotychczasowych lotów, gdyż uznano za konieczne poddanie selenonautów kwarantannie biologicznej. Dlatego zrzuceni ze śmigłowca płetwonurkowie podali najpierw załodze specjalne skafandry biologiczne i dopiero po przebraniu się w nie, zostali podniesieni do kabiny śmigłowca. Jednocześnie kabina poddana została dezynfekcji. Po przeniesieniu na lotniskowiec Hornet selenonauci natychmiast przeszli do specjalnej kabiny kwarantannowej (Mobile Quarantaine Facility – MQF), w niej zostali przewiezieni na Wyspy Hawajskie. W Fort Island kontener został załadowany na pokład samolotu C-141. Samolot dostarczył załogę do Bazy Sił Powietrznych Ellington w Teksasie, skąd kontener został przewieziony do centrum kosmicznego w Houston w Teksasie, gdzie przeszli do stałego pomieszczenia kwarantannowego. Kwarantanna trwała do 11 sierpnia i tak jak przewidywano, dała wynik całkowicie negatywny. Kabina Apollo 11 obecnie jest eksponatem w National Air and Space Museum w Waszyngtonie.