16 stycznia 1864 rozgoryczony Metzig stanął jeszcze w obronie czterech posłów oskarżonych o udział w powstaniu styczniowym, po czym w roku następnym złożył swój mandat, postanawiając skupić się na pracy zawodowej. W tamtym czasie był członkiem wielu stowarzyszeń lekarskich, m.in. Towarzystwa Naukowego w Krakowie (członek korespondent), towarzystw w Warszawie, Brukseli, Pradze, Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk (członek honorowy), Towarzystwa Pomocy Naukowej w powiecie wschowskim.
Pomimo poświęcenia się medycynie, w 1867, tuż przed śmiercią opublikował jeszcze ostatnie swoje dzieło polityczne, pt. „Vive la Pologne! Ein Weckeruf an das traumbefangene Europa” („Niech żyje Polska! Odezwa w celu zbudzenia uśpionej Europy”).
W latach 1861-1868 był członkiem honorowym Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk.
Śmierć i upamiętnienie thumb|250px|Pomnik w miejscu dawnego grobu Metziga w Lesznie. Dr Johann Metzig zmarł 1 października 1868, w wieku 64 lat. 4 października został pochowany w Lesznie, na cmentarzu ewangelickim znajdującym się wówczas przy tamtejszym Kościele Świętego Krzyża. Po roku na grobie zbudowano nagrobek w kształcie dwóch graniastosłupów z marmuru śląskiego, opatrzony krzyżem oraz motywem wieńca z liści laurowych i dębowych.