Michałowi Świtalskiemu „Juhas”, sam natomiast został mianowany drugim zastępcą prezesa Obszaru Centralnego zrzeszenia Wolność i Niezawisłość do spraw wojskowych. Od 22 grudnia do chwili aresztowania (4 stycznia 1947 roku) pełnił funkcję zastępcy prezesa Obszaru Centralnego WiN.
W czasie śledztwa prowadzonego przez Jerzego Kaskiewicza, Edwarda Zająca i Adama Adamuszka przetrzymywany był w więzieniu mokotowskim w Warszawie. Sądzono go w dniach 3–27 grudnia 1947 roku, wspólnie z działaczami Komitetu Porozumiewawczego Organizacji Polski Podziemnej „Stocznia”. Akt oskarżenia zarzucał mu 14 „napadów zorganizowanych przez jego bandy”, w których zginęło 41 żołnierzy i funkcjonariuszy bezpieczeństwa oraz 12 osób cywilnych. Został skazany na karę śmierci, którą, na mocy amnestii z 22 lutego 1947 roku, zamieniono na dożywotnie więzienie.
Więziony był kolejno we Wronkach, Rawiczu i Strzelcach Opolskich. Na mocy amnestii z 27 kwietnia 1956 roku Wojskowy Sąd Garnizonowy w Warszawie 7 maja 1956 roku złagodził mu karę do 12 lat więzienia. 24 kwietnia 1957 roku Rada Państwa, korzystając z prawa łaski, zawiesiła mu resztę kary na dwa lata. Wyszedł na wolność 29 kwietnia 1957 roku.