W połowie lat 90. trafił do Legii Warszawa, najpierw jako asystent Pawła Janasa, który w sezonie 1995–1996 doprowadził ją do ćwierćfinału Ligi Mistrzów. W czerwcu 1996 roku Janas zrezygnował, a nowym trenerem został Władysław Stachurski. Jednak z powodu jego niedyspozycji zdrowotnych zespół prowadził Jabłoński na spółkę z Lucjanem Brychczym i pod koniec rozgrywek 1996–1997 zdobył z nim Puchar Polski. Jabłoński został zwolniony po pierwszych dwudziestu pięciu kolejkach kolejnego sezonu.
Przez trzy lata pracował w Zagłębiu Lubin. Najpierw zajął z nim ósme miejsce w lidze, później dwa razy piąte.
Od początku sezonu 2001–2002 został szkoleniowcem Amiki Wronki, którą doprowadził do trzeciego miejsca w tabeli i startu w Pucharze UEFA. Po słabszych wynikach w lidze w następnym sezonie został ponownie (wcześniej w Zagłębiu) zastąpiony przez Stefana Majewskiego.
Szybko znalazł zatrudnienie w Wiśle Płock. Osiągnął z tym klubem największe sukcesy w jego historii, tzn. czwarte miejsce w lidze (w sezonie 2004–2005) i finał Pucharu Polski (2002–2003).