W 1797 roku po upadku Republiki Weneckiej, na mocy pokoju w Campo Formio wyspa znalazła się pod kontrolą Republiki Francuskiej wchodząc w skład Département Mer-Égée (Departamentu Morza Egejskiego). Francuzi jednak wkrótce zostali wyparci do 1798 roku przez siły Imperium Osmańskiego. W latach 1800–1807 Zakintos była częścią greckiej Republiki Siedmiu Wysp pod protektoratem tureckim. Od 1807 roku wyspa przeszła ponownie pod władzę francuską na mocy traktatu tylżyckiego. 2 października 1809 flota brytyjska odniosła zwycięstwo nad Francuzami w bitwie pod Zakintos i opanowała wyspę. W latach 1815–1864 wyspa wchodziła w skład znajdującego się pod brytyjskim protektoratem państwa określanego jako Zjednoczone Kraje Wysp Jońskich. Państwo to zostało zlikwidowane w 1864 na mocy porozumienia londyńskiego (brytyjsko-francusko-grecko-rosyjskiego), które przekazało władzę nad tym terytorium Grecji.
W kwietniu 1941 roku wyspę zajęły wojska włoskie, a po kapitulacji rządu włoskiego wobec aliantów we wrześniu 1943 roku, jej okupację rozpoczął Wehrmacht. Grecy odzyskali wyspę we wrześniu 1944 roku.
12 sierpnia 1953 roku trzęsienie ziemi uszkodziło na Zakintos ponad 90% budynków.
W grudniu 1999 roku w południowej części wyspy utworzono Morski Park Narodowy Wyspy Zakintos. Zajmuje on obszar 135 km².