Do pracy szkoleniowej powrócił w czerwcu 2008 roku. Został trenerem grającego w holenderskiej Eredivisie FC Twente. Na zakończenie sezonu 2008–2009 zdobył z tym klubem wicemistrzostwo Holandii. Rok później sięgnął zaś po pierwsze w historii Twente mistrzostwo kraju.
Kilka dni po tym sukcesie, przyjął propozycję prowadzenia VfL Wolfsburg. 7 lutego 2011 roku został zwolniony z funkcji trenera VfL Wolfsburg.
13 czerwca 2011 został trenerem Nottingham Forest podpisując trzyletni kontrakt. Po dziesiątej kolejce ligowej zrezygnował z posady trenera Nottingham Forest.
5 stycznia 2012 objął stanowisko trenera w FC Twente, zastępując Co Adriaanse.
We wrześniu 2013 roku został nowym trenerem Derby County po tym, jak zwolniono Nigela Clougha. W swoim debiutanckim meczu Derby odniosło zwycięstwo 3-1 nad Leeds United na własnym boisku, przerywając serię siedmiu meczów ligowych bez zwycięstwa na własnym boisku i zapoczątkowując niezwykły zwrot akcji. Pod wodzą McClarena Derby County przekształciło się w jedną z najciekawszych drużyn Championship, stawiającą na ofensywny styl gry, charakteryzujący się płynnymi podaniami i wysokim pressingiem.